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傳統的使用時，是將計數筆連接到主機上，打開電源開關，將培養皿放在白光板上，打開白光燈，用計數筆觸動計數，LED顯示屏顯示所計數量；計數完成可用計數筆在稿紙上暫記總數，重新開關電源，LED顯示屏自動歸零，二次計數與稿紙上一次總數比較，數量相同可得較準確的結果。同時，按照細菌計數檢驗規程規定，一只培養皿中細菌生長數超過300個時，應將檢驗樣品稀釋重作，以保證計數的準確性，所以，一般的儀器顯示計為三位數。現在隨著科技的進步，菌落計數技術日趨完善。主要體現在配置越來越高，功能越來越全。計數的速度越來越快，準確性也越來越。具體體現在下面幾個方面：
1、成像方面，傳統的手動，使用的是放大鏡，一般可放大1.7倍到3倍。現在使用的菌落計數器已經具有了圖片拍攝功能，而且CCD的規格越來越高，現在市場上銷售的儀器所配置的CCD規格是300萬到1000萬像素不等，分辨率也從原來的0.08mm增強到了現在的0.01mm，圖像清晰度大大提高。另外應基層微生物實驗室的使用需求，還增加了圖像特性獲取功能。
2、圖像處理功能，具有圖像調節，圖像增強，圖像濾波，邊緣檢測，形態學運算等，這些都是傳統的菌落計數器所沒有的。
3、在統計功能方面，不再局限于傳統的數量統計。現在市場上出現的全自動菌落計數器，已經增加了一些智能識別技術，可全皿菌落統計，區域選擇統計，鼠標點擊統計，排污區域計數，直徑分類統計，顏色識別統計等。更*的全自動菌落計數器還帶有自動雜質剔除，菌落粘連分割大腸桿菌技術等等。
4、測量功能和抑菌圈自動測量方面也是原來的菌落計數器所沒有，更有*的儀器已經具有了藥敏分析功能。不過，這種菌落計數器多用在微生物實驗室等數據要求較高的領域，價格也不便宜，市場價多在8，9萬左右。
5、在數據庫的處理方面，較傳統的菌落計數器，增加了數據存儲，智能查詢，數據導出等，有的還可以設置操作者使用權限，數據修改權限設置等，使測量的數據更加安全。同時，還可以在線編輯，報表打印。
總之，隨著科學技術的發展，菌落計數器也在不斷的改進。需求者可以根據自己的計數側重點進行選購
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